يُذكر أنه في المجتمعات ذات الدخل المنخفض والمحرومة التي نستهدفها، غالباً ما يتسم السكن فيها بجودة منخفضة واكتظاظ بالسكان، إضافة إلى سوء شبكات الصرف الصحي ونقص العزل والتهوية. تتأثر العديد من هذه المناطق بشدة بالكوارث الطبيعية أو تقع في مناطق تشهد نزاعات، ما يعرِّض أماكن السكن للأخطار والأضرار. لذلك، توفر وكالة الآغا خان للقروض الصغيرة قروضاً لترميم وتجديد المساكن، بهدف تحسين نوعية حياة الأُسر المحرومة.

قدّم بنك التمويل الصغير الأول في أفغانستان (FMFB-A) في عام 2008 قروضاً لتحسين جودة المساكن، وقام البنك وبدعمٍ من مؤسسة التمويل الدولية بتطوير مجموعة أدوات للتمويل الصغير المتعلقة بالسكن والتي أصبحت مرجعاً في المنطقة. عمل البنك وبدعمٍ مبدئي من الوكالة الأمريكية للتنمية الدولية، ومن خلال التعاون مع مؤسسة الآغا خان لخدمات التخطيط والبناء في باكستان (AKPBS,P)، على تقديم خدمات استشارية مجانية تتعلق بالبناء مقترنةً بقروض الإسكان لتعزيز جودة البناء في عام 2009. وقام بتنفيذ تعديلات جديدة لمواجهة مخاطر الزلازل، تحسين كفاءة الطاقة وشبكات الصرف الصحي، بالإضافة إلى تحسين التهوية المناسبة. وضع البنك المبادئ التوجيهية لتشييد وتعديل المباني غير المهندسة بدعمٍ فني من مؤسسة الآغا خان لخدمات التخطيط والبناء في باكستان وبنك التمويل الصغير الأول في أفغانستان، وعمل البنك على توظيف موظفين تقنيين لتقديم خدمات استشارية في مجال البناء، وتطوير منتجات تهتم بشروط السكن في المناطق الريفية.

قام بنك التمويل الصغير الأول في أفغانستان وشركة التمويل الصغير الأولى في عام 2017 وبدعمٍ من بنك التنمية الألماني (KfW) والبنك الأوروبي للإنشاء والتعمير (EBRD) على توفير قروض لتحسين المساكن الموفّرة للطاقة، وتقديم إرشادات وتعليمات حول أفضل الممارسات والحلول المناسبة للسياق.

تُقدم الشركات التابعة لوكالة الآغا خان للقروض الصغيرة في أفغانستان، باكستان، سوريا وطاجيكستان خدمات تمويل الإسكان، حيث تصل قيمة المحفظة الإسكانية الإجمالية إلى حوالي 30 مليون دولار أمريكي. يتم تقديم هذه الخدمات لـ 30 ألف عميل، حيث تُشكل النساء 30% منهم، ويسكن 45% منهن في المناطق الريفية.