تتعاون مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية مع شركات الخدمات الوطنية في تسع دول، هي: أفغانستان، الهند، كينيا، قيرغيزستان، باكستان، سوريا، طاجيكستان، تنزانيا، وأوغندا. يقع مكتبها الرئيسي ضمن مكاتب شبكة الآغا خان للتنمية في جنيف بسويسرا، وهي تنسق أنشطة الشركات الخدمية من خلال الخطط الخمسية والتوقعات العشرية، فضلاً عن تقديم الميزانية السنوية وتوفير المساعدات الفنية.

تركّز مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية على إقامة شراكات وروابط على المستوى الدولي، من خلال تنفيذ استراتيجيات على مستوى الشبكة الجغرافية الإقليمية في مناطق مثل آسيا الوسطى وشرق إفريقيا. كما تولي أهمية كبيرة لجودة الرعاية الصحية والصحة الرقمية والتعلم الافتراضي والتدابير الضرورية لمواجهة التغيّر المناخي. وتهتم أيضاً بصحة السكان، وتوفير الاتصالات، وتنمية الموارد البشرية، وتنفيذ عمليات التدقيق والفحص اللازمة.

تتعاون كافة الشركات المعنية بالخدمات الصحية مع مثيلاتها الحكومية وغير الحكومية، لتعزيز وتطوير الأنظمة الصحية الوطنية، وتعزيز مؤسساتها، وتعزيز الروابط بينها. وتدير مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية وجامعة الآغا خان أكثر من 22 مستشفى وأكثر من 700 مركز صحي.