يتم إنشاء الهيئات الحاكمة واللجان الإقليمية والمجتمعية والمؤسسية لتسهيل وضع المخططات وتنفيذ العمليات وأنشطة التمويل لشركات الخدمات الوطنية. يعمل جميع المدراء كمتطوعين على أساس غير مأجور، وعادةً ما يتكون مجلس إدارة كل شركة خدمات وطنية من 8-12 مديراً. يتولى المدير التنفيذي مسؤولية تخطيط وإدارة جميع عمليات شركة الخدمات الوطنية، ويتم تمويل الخدمات والمرافق والبرامج الخاصة بالشركات من خلال الرسوم المحلية لقاء تقديم الخدمات، إضافةً إلى المساهمات المجتمعية وما تقدمه الجهات المانحة الدولية، فضلاً عن مساهمات سمو الآغا خان.

تقدم مؤسسة الآغا خان المساعدة لشركات الخدمات الوطنية في الحصول على التمويل، فضلاً عن المساعدة الفنية من الوكالات المانحة الدولية والمحلية لإجراء مبادرات التنمية المناسبة أو تقديم الخدمات. تملك كل شركة برنامج استثماري كبير ومستمر لتطوير كل من أنظمة الإدارة وجودة موظفيها الإداريين وموظفي الدعم. بالإضافة إلى وجود تركيز كبير على مستوى الشبكة لإجراء تحسينات مستمرة تتعلق بالجودة كإستراتيجية أساسية للتطوير التنظيمي، وهذا يشمل ضمان الجودة والتحضير للاعتماد إمّا من خلال برنامج "اعتماد المستشفى في الولايات المتحدة" (اللجنة الدولية المشتركة) أو "عمليات الآيزو". هذا وتم منح "منهجية الإدارة ذات الجودة الشاملة" إلى مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في عام 1992، وهي لا تزال تمثل إحدى الأنشطة المهمة مع تقديم اعتماد "سيف كير" (SafeCare) لمرافق الرعاية الصحية الأولية والثانوية لدينا.

ثمة استثمار كبير في تنمية الموارد البشرية على كل مستوى لكل شركة من شركات الخدمات الوطنية، حيث تملك جميع الشركات أيضاً برامج استثمار كبيرة ومستمرة في أنظمة المعلومات الإدارية المرتكزة على الكمبيوتر والاتصالات الإلكترونية. وهي تقوم بوظيفة تدقيق نشطة للحسابات الداخلية. يملك كل مجلس إدارة لجنة نشطة في تدقيق الحسابات، وتخضع كل شركة لعملية مراجعة وتدقيق خارجية للحسابات سنوياً.