تستفيد كل أكاديمية من أكاديميات الآغا خان (AKA) من الخبرة المشتركة لشبكة الأكاديميات ومدراس الأغا خان، فضلًا عن الشراكات مع وكالات شبكة الآغا خان للتنمية (AKDN) الأُخرى والشبكات المؤسسية العالمية. تتيح هذه الروابط تطوير برامج تعليمية مبتكرة، وتسهم في ضمان تحقيق معايير التميز العالمية.

تتسم كل أكاديمية بقدرتها على الاستفادة من الخبرة والتواصل مع الأكاديميات الأُخرى ومع شبكة الآغا خان للتنمية. بالإضافة إلى الاستفادة من الموارد الفكرية وبرامج مؤسسات شبكة الآغا خان للتنمية مثل جامعة الآغا خان، جامعة آسيا الوسطى، مؤسسة الآغا خان للخدمات التعليمية، مؤسسة الآغا خان وصندوق الآغا خان للثقافة.

يتاح لطلاب الصف التاسع في أكاديميات الآغا خان في حيدر أباد، مابوتو، ومومباسا إجراء تبادلات دولية لمدة فصل دراسي واحد في أكاديميات أُخرى. بالإضافة إلى ذلك، يشارك الطلاب في برنامج الدبلوم في التدريب العملي لتقديم الخدمات مع البرامج التابعة لشبكة الآغا خان للتنمية.

أقامت كل من شبكة الآغا خان للتنمية وأكاديميات الآغا خان شراكات واتفاقيات مع مؤسسات تعليمية مرموقة، بما في ذلك البكالوريا الدولية (IB) وجامعة كامبريدج للتعليم الدولي. تشمل قائمة الجامعات الرائدة التي نتشارك معها ما يلي:

• جامعة كولومبيا البريطانية؛
• جامعة شمال كولومبيا البريطانية؛
• جامعة فيكتوريا؛
• جامعة ألبرتا؛
• جامعة كونكورديا؛
• جامعة تورنتو متروبوليتان لإقامة معسكر صيفي لطلاب رواد الأعمال؛
• جامعة ولاية كاليفورنيا، نورثريدج؛
• كلية هورون الجامعية؛
• جامعة القيادة الأفريقية؛ و
• شبكة "هالي (HALI)" في إفريقيا (منظمة تعمل مع الطلاب من ذوي الإنجازات العالية والدخل المنخفض).