تعتمد أكاديميات الآغا خان على برامج البكالوريا الدولية (IB) المعترف بها دوليًا. تقدم أكاديميات الآغا خان برنامج السنوات الابتدائية (PYP)، وبرنامج السنوات المتوسطة (MYP)، وبرنامج الدبلوم. بالإضافة إلى ذلك، تقدم أكاديميات الآغا خان في مابوتو ودكا التعليم في مرحلة ما قبل المدرسة للأطفال من سن ثلاث إلى خمس سنوات.

تم تصميم المناهج الدراسية لأكاديميات الآغا خان بهدف ربط التعلم النظري للطلاب بالقضايا المحلية والدولية ذات الصلة، والتي تسمى مجالات المناهج لأكاديميات الآغا خان. يقوم الطلاب خلال هذه العملية بتطوير فهمهم للعالم، جنبًا إلى جنب مع اكتساب المهارات التحليلية والقدرة على التعلم بشكل مستقل والرغبة في إحداث التغيير. يولي برنامج أكاديميات الآغا خان اهتمامًا خاصًا لتقديم التعليم باللغتين الإنجليزية واللغة الوطنية، مما يمكّن جميع الطلاب من أن يصبحوا ثنائيي اللغة.