منح شاه فارس في ثلاثينيات القرن التاسع عشر لقب الآغا خان لأول مرة للإمام حسن علي شاه، الإمام السادس والأربعين لمجتمع المسلمين الشيعة الإسماعيليين. ثم منحت جلالة ملكة إنجلترا لقب "صاحب السمو" للإمام كريم في عام 1957، كما منحه شاه إيران صاحب الجلالة الإمبراطوري لقب "صاحب السمو" في عام 1959.
صاحب السمو الآغا خان يُعرب عن شكره للحكومة الفرنسية على شراكتهما بعد تلقيه وسام جوقة الشرف من رتبة الصليب الأكبر، فرنسا.
AKDN / Cécile Genest
وسام الاستحقاق الوطني من رتبة قائد، موريتانيا (1960)
نيشان الأمير هنري "إنفانتي دي هنريكي" من رتبة الصليب الأكبر، البرتغال (1960)
وسام الصليب الأكبر الوطني، ساحل العاج (1965)
وسام الصليب الأكبر الوطني، فولتا العليا (1965)
وسام الصليب الأكبر الوطني، مدغشقر (1966)
وسام الهلال الأخضر القمري من درجة الهلال الأكبر، جزر القمر (1966)
وسام تاج إيران من رتبة الوشاح الأكبر، "نيشان التاج الإيراني" (1967)
وسام نيشان الامتياز، باكستان (1970)
وسام استحقاق الجمهورية من رتبة فارس الصليب الأعظم، الجمهورية الإيطالية (1977)
وسام الأسد الوطني من رتبة ضابط عظيم، السنغال (1982)
نيشان باكستان (1983)
وسام العرش من رتبة الحمالة الكبرى، المغرب (1986)
وسام نجمة إيطاليا برتبة فارس "كافاليير ديل لافورو"، إيطاليا (1988)
وسام جوقة الشرف من رتبة قائد، فرنسا (1990)
وسام الاستحقاق المدني من رتبة الصليب الكبير، إسبانيا (1991)
وسام الاستحقاق من رتبة الصليب الأعظم، البرتغال (1998)
وسام الصداقة، طاجيكستان (1998)
وسام البحرين من الدرجة الأولى (2003)
وسام الإمبراطورية البريطانية من رتبة الفارس القائد، المملكة المتحدة (2004)
وسام كندا الوطني من رتبة رفيق فخري (2005)
وسام الصليب الأعظم لفرسان المسيح في البرتغال (2005)
وسام القلب الذهبي، كينيا (2007)
وسام مالي الوطني من رتبة الصليب الأكبر (2008)
وسام الفنون والآداب من رتبة قائد، فرنسا (2010)
وسام داناكر الوطني، جمهورية قيرغيزستان (2016)
وسام الحرية من رتبة الصليب الكبير، البرتغال (2017)
وسام لؤلؤة إفريقيا من رتبة القائد الأكبر، أوغندا (2017)
وسام جوقة الشرف من رتبة الصليب الأكبر، فرنسا (2018)
منحت جامعة أوتاوا سمو الآغا خان درجة الدكتوراه الفخرية في 13 يناير 2012.
شهادة الدكتوراه الفخرية في القانون مع مرتبة الشرف، جامعة بيشاور، باكستان (1967)
شهادة الدكتوراه الفخرية في القانون مع مرتبة الشرف، جامعة السند، باكستان (1970)
شهادة الدكتوراه الفخرية في القانون مع مرتبة الشرف، جامعة مَكْغيل، كندا (1983)
شهادة الدكتوراه الفخرية في القانون مع مرتبة الشرف، جامعة ماكماستر، كندا (1987)
شهادة الدكتوراه الفخرية في الآداب مع مرتبة الشرف، جامعة لندن، المملكة المتحدة (1989)
شهادة الدكتوراه الفخرية في القانون مع مرتبة الشرف، جامعة ويلز، المملكة المتحدة (1993)
شهادة الدكتوراه الفخرية في القانون مع مرتبة الشرف، جامعة براون، الولايات المتحدة الأمريكية (1996)
شهادة الأستاذية الفخرية من جامعة أوش، قيرغيزستان (2002)
شهادة الدكتوراه الفخرية في القانون مع مرتبة الشرف، جامعة تورنتو، كندا (2004)
شهادة الدكتوراه الفخرية في الآداب والعلوم الإنسانية، الجامعة الأمريكية في بيروت، لبنان (2005)
شهادة الدكتوراه الفخرية، جامعة يابرة، البرتغال (2006)
شهادة الدكتوراه الفخرية في الآداب والعلوم الإنسانية، الجامعة الأمريكية في القاهرة، مصر (2006)
شهادة الدكتوراه الفخرية، جامعة سانكوري، مالي (2008)
شهادة الدكتوراه الفخرية في القانون مع مرتبة الشرف، جامعة هارفارد، الولايات المتحدة الأمريكية (2008)
شهادة الدكتوراه الفخرية في القانون مع مرتبة الشرف، جامعة إيرلندا الوطنية، ماينوث، أيرلندا (2008)
شهادة الدكتوراه الفخرية في القانون مع مرتبة الشرف، جامعة ألبرتا، كندا (2009)
شهادة الدكتوراه الفخرية في اللاهوت، جامعة كامبريدج، المملكة المتحدة (2009)
شهادة الدكتوراه الفخرية في القانون مع مرتبة الشرف، جامعة أوتاوا، كندا (2012)
شهادة الدكتوراه الفخرية في الآداب المقدّسة من كلية ترينيتي، جامعة تورنتو، كندا (2013)
درجة الدكتوراه الفخرية من المعهد البابوي لدراسات العصور الوسطى (2016)
شهادة الدكتوراه الفخرية مع مرتبة الشرف، جامعة لشبونة الجديدة "نوفا"، البرتغال (2017)
شهادة الدكتوراه الفخرية في القانون مع مرتبة الشرف، جامعة كالجاري، كندا (2018)
شهادة الدكتوراه الفخرية في القانون مع مرتبة الشرف، جامعة كولومبيا البريطانية، كندا (2018)
شهادة الدكتوراه الفخرية في القانون مع مرتبة الشرف، جامعة سيمون فريزر، كندا (2018)
حاز سمو الآغا خان على الميدالية الذهبية لعام 2013 من المعهد الملكي للهندسة المعمارية، والتي قدمها له بول فرانك، رئيس المعهد الملكي للهندسة المعمارية في كندا.
العضوية الفخرية من الجمعية الطبية الباكستانية، السند، باكستان (1981)
ميدالية مؤسسة توماس جيفرسون التذكارية في العمارة، جامعة فيرجينيا، الولايات المتحدة الأمريكية (1984)
تكريم شرفي من المعهد الأمريكي للمهندسين المعماريين، الولايات المتحدة الأمريكية (1984)
الزمالة الفخرية من كلية الأطباء والجراحين في باكستان (1985)
الميدالية الذهبية للمجلس الأعلى للمهندسين المعماريين، إسبانيا (1987)
مواطن فخري لمدينة غرناطة، إسبانيا (1991)
الزمالة الفخرية من المعهد الملكي للمهندسين المعماريين البريطانيين، المملكة المتحدة (1991)
الميدالية الفضية لأكاديمية الهندسة المعمارية، فرنسا (1991)
عضو فخري في المعهد الأمريكي للمهندسين المعماريين، الولايات المتحدة الأمريكية (1992)
مواطن فخري لمدينة سمرقند، أوزبكستان (1992)
جائزة هادريان، الصندوق العالمي للآثار، الولايات المتحدة الأمريكية (1996)
مفتاح مدينة لشبونة، البرتغال (1996)
الميدالية الذهبية لمدينة غرناطة، إسبانيا (1998)
جائزة آرتشون، جمعية الشرف الدولية للتمريض من منظمة "سيغما ثيتا تاو إنترناشيونال"، الدنمارك (2001)
وسام الشرف، الاتحاد الدولي للمهندسين المعماريين، فرنسا (2001)
جائزة الدولة للسلام والتقدّم، كازخستان (2002)
المواطن الفخري للأمة الإسلامية في تمبكتو، مالي (2003)
جائزة "فنسنت سكالي"، متحف المبنى الوطني، الولايات المتحدة الأمريكية (2005)
مواطن فخري لمدينة دار السلام، تنزانيا (2005)
مفتاح مدينة أوتاو، كندا (2005)
جائزة "دي كوادريغا"، ألمانيا (2005)
وسام "أندرو كارنيغي" للأعمال الخيرية، المملكة المتحدة (2005)
جائزة التسامح من الأكاديمية الإنجيلية في "توتزينغ"، ألمانيا (2006)
مفتاح مدينة أوستن، الولايات المتحدة الأمريكية (2008)
مواطن فخري لبلدية تمبكتو، مالي (2008)
عضو مشارك غير مقيم، أكاديمية الفنون الجميلة، فرنسا (2008)
مُعلّم فخري، جمهورية كازاخستان (2008)
شخصية العام 2008، الرابطة الدولية للتجديد الروحاني "روحانيات"، قيرغيزستان (2009)
عضو مشارك غير مقيم في أكاديمية لشبونة للعلوم البرتغال (2009)
الراعي والمتبرع الكبير للثقافة، وزارة الثقافة، فرنسا (2009)
الجنسية الفخرية الكندية (2010)
ميدالية جامعة كاليفورنيا سان فرانسيسكو، الولايات المتحدة الأمريكية (2011)
جائزة معهد العقارات والتطوير الحضري، أُولي (ULI) جيه سي نيكولز، لأصحاب الرؤية في التطوير الحضري، الولايات المتحدة الأمريكية (2011)
جائزة ديفيد روكفيلر للقيادة، المملكة المتحدة (2012)
الميدالية الذهبية من المعهد الملكي للهندسة المعمارية الكندي، كندا (2013)
جائزة شمال-جنوب، مجلس أوروبا، البرتغال (2014)
جائزة بادما فيبوشان، الهند (2015)
جائزة أدريان كلاركسون للمواطنة العالمية (2016)
جائزة البطل للتغيير العالمي، خلال مأدبة عشاء القمة العالمية للقيادة في الأمم المتحدة، الولايات المتحدة الأمريكية (2017)
جائزة الإنجاز مدى الحياة من جمعية آسيا خلال فعاليات حفل توزيع جوائز "غيم تشينجر" (تغيير المعادلة)، الولايات المتحدة الأمريكية (2017)
ميدالية الرئيس من الرابطة المعمارية لنيويورك (2017)
مفتاح مدينة شوغَر لاند، الولايات المتحدة الأمريكية (2018)
الراعي المؤسس العالمي لصندوق الأمير، المملكة المتحدة (2019)
مفاتيح مدينة بورتو، البرتغال (2019)