تنشط شبكة الآغا خان للتنمية في مجال التعليم في إفريقيا منذ أكثر من قرن، حيث تأسست أولى مدارس الآغا خان في زنجبار حوالي عام 1905. ومنذ ذلك الحين، تم تعليم الآلاف من الطلاب في مدارس الآغا خان في أنحاء مختلفة من شرق إفريقيا.

أُنشأت أولى أكاديميات الآغا خان في مومباسا، كينيا، عام 2003، كما أُسست الثالثة في مابوتو، موزمبيق، بعد عقد من ذلك.

تعمل مؤسسة الآغا خان في شراكة مع كل من: الحكومات، القطاع الخاص، المجتمع المدني، المؤسسات الأكاديمية، مدراء المدارس، المعلمين، أولياء الأمور، المجتمعات والطلاب بهدف تطوير وتوسيع نطاق الحلول المبتكرة وبأسعار معقولة، ما يساهم في رفع جودة أنظمة التعليم العام، فضلاً عن سهولة الوصول إليها من الأطفال الذين يعيشون في المناطق الأكثر تهميشاً في جميع أنحاء العالم. يركز عمل المؤسسة بقوة على تنمية الطفولة المبكرة. استفاد آلاف الأطفال من برنامج المدرسة الرائد للتعليم في الطفولة المبكرة منذ إنشائه في الثمانينيات.

تقدم جامعة الآغا خان، منذ عام 2000، التعليم العالي في جميع أنحاء شرق إفريقيا. إضافةً إلى كليات التمريض والقبالة في كينيا وتنزانيا وأوغندا، تضم الجامعة اليوم كلية طبية، معهد التطوير التربوي، كلية الدراسات العليا للإعلام والاتصالات، معهد شرق إفريقيا ومعهد التنمية البشرية.