تُعد مشكلة نقص المياه، وعدم انتظام أنماط هطول الأمطار أمراً صعباً وشاقاً للعديد من الأماكن. وتشكّل هذه المشاكل حساسيةً بالغةً بالنسبة للعديد من المناطق التي تعتمد على الزراعة البعلية. يُذكر أنه في منطقة سلمية، سورية، أدت محدودية الموارد المائية، إضافةً إلى الإفراط في ضخ المياه وسوء إدارتها، إلى استمرار مشاكل ندرة المياه، ما أدى إلى انخفاض مساحة الأراضي الصالحة للزراعة من 40 ألف هكتار في عام 1960 إلى حوالي 9 آلاف هكتار في عام 2007، فضلاً عن جفاف حوالي 3500 من آبار المياه الجوفية من أصل 5 آلاف بئر في عام 2003.

ولمعالجة هذه القضايا المزمنة، عملت برامج التنمية الريفية التابعة لمؤسسة الآغا خان مع المزارعين والحكومات والمجتمعات المحلية على تعزيز إدارةٍ أفضل للموارد المائية وتطوير أساليب أكثر كفاءة في استخدام المياه للإنتاج الزراعي. تشمل تلك الأنشطة تحسين أنظمة الري، ولا سيّما الري بالتنقيط والرش مع تطبيق تلك الممارسات في الأراضي الصالحة للزراعة.

تعمل مؤسسة الآغا خان أيضاً على سد الفجوة بين مراكز البحوث الوطنية وصغار المزارعين من خلال توزيع أصناف الشعير المقاومة للجفاف، فضلاً عن تأكيد وتوضيح أهمية وفوائد تقنيات ترشيد استخدام المياه في ري البساتين، إضافةً إلى البدء بإجراء الأبحاث المتعلقة بانتهاج الطرق المُثلى لزراعة المحاصيل ذات الإنتاج الوفير، إلى جانب تقدير ما تحتاجه من المياه.

وفي معرض كلمته خلال المنتدى العالمي للأعمال الخيرية في واشنطن العاصمة، الولايات المتحدة الأمريكية في 23 أبريل 2009، قال سمو الآغا خان: " أعتقد أنه لا يمكن لأحد أن يجادل أن نسبة كبيرةً من مشاكل العالم التي حصلت مؤخراً قد حدثت في المناطق الريفية في أفقر القارات ... وإننا بحاجة لمعالجة تلك المشكلات بإحساس قوي جداً باعتبارها مطالب مُلحّة. ما كنا سعداء بتحقيقه خلال 25 عاماً، يجب أن نسعى لتحقيقه في غضون 10 سنوات".