أطلق سمو الآغا خان في عام 2000 برنامجاً لتأسيس شبكة متكاملة من المدارس تحت اسم أكاديميات الآغا خان، حيث تم تكريس هذا المشروع لتعزيز إمكانية الوصول إلى تعليمٍ يتمتع بمعيارٍ عالمي من التميّز. وتم بناء الأكاديميات، التي تعلّم الشباب والنساء ابتداءً من مرحلة ما قبل المدرسة ووصولاً إلى مرحلة التعليم الثانوي العالي، في مواقع رئيسية من إفريقيا وآسيا. ويعتبر مقر كلّ أكاديمية من أكاديميات الآغا خان مصمماً من الناحية المعمارية ومبنياً لهذا الغرض.

وتزخر الأكاديميات بالقاعات الدراسية والمناطق المتطورة والمخصّصة للمصادر، وبالمنشآت الرياضية الشاملة. وفتحت أولى أكاديميات الآغا خان أبوابها في مدينة مومباسا الكينية في عام 2003، كما تم افتتاح الأكاديمية الثانية في مدينة حيدر أباد الهندية في عام 2011. وشهد عام 2013 افتتاح الأكاديمية الثالثة في مدينة مابوتو الموزامبيقية.

وفي معرض تعليقه على وضع حجر الأساس لأكاديمية الآغا خان بمدينة حيدر أباد الهندية في 22 سبتمبر من عام 2006، قال سمو الآغا خان: "كما يقال في كثيرٍ من الأحيان، فإننا نقوم في بداية المطاف بتشكيل مبانينا، وبعد ذلك تقوم هذه المباني بتشكيل هويتنا. وباختصار، فإن الأكاديميات ستكون بيئات جدّية ومركزة وصارمة – إلا أنها ستكون في الوقت نفسه أماكن فسيحة ومبهجة".