Chaque Académie Aga Khan peut tirer parti de l'expérience et des partenariats des autres institutions du réseau des Académies et de l'AKDN. Cela comprend notamment les ressources intellectuelles et les programmes des institutions du Réseau telles que l'Université Aga Khan (AKU), l'Université d'Asie centrale (UCA), les Services d'éducation Aga Khan (AKES), la Fondation Aga Khan (AKF) et le Trust Aga Khan pour la culture (AKTC).

Les élèves de troisième des Académies de Hyderabad, Maputo et Mombasa peuvent entreprendre des échanges internationaux d’un semestre dans d’autres Académies. Les élèves du Programme du diplôme peuvent participer à des stages internes dans le cadre de programmes partenaires de l’AKDN.

L'AKDN et les Académies Aga Khan ont signé des partenariats et des accords avec des institutions d'enseignement réputées, notamment le Baccalauréat international (IB) et Cambridge International Education. Liste des principales universités partenaires du réseau des Académies :

• the University of British Columbia;
• l’Université du nord de la Colombie-Britannique ;
• the University of Victoria;
• the University of Alberta;
• Concordia University;
• l’Université métropolitaine de Toronto pour un camp d’été pour les élèves entrepreneurs ;
• l’Université d’État de Californie à Northridge ;
• le Huron University College ;
• the African Leadership University; and
• the HALI Access Network in Africa.