Le programme d’études est basé sur les programmes du Baccalauréat International (IB), reconnus mondialement. Les Académies Aga Khan proposent ainsi le Programme primaire (PP), le Programme d’éducation intermédiaire (PEI) et le Programme du diplôme. Les Académies Aga Khan de Maputo et de Dhaka proposent également un enseignement en école maternelle pour les enfants âgés de trois à cinq ans.

Le programme s’appuie en outre sur des thématiques qui viennent s’intégrer au cursus classique, que l’on appelle les Axes d’études Aga Khan. Les élèves acquièrent ainsi les compétences dont ils auront besoin en tant que futurs fers de lance de leur domaine par le développement de leur compréhension du monde, de leur sens de responsabilité sociale, de leur créativité et de leur respect de normes éthiques. Les cours y sont dispensés en anglais et dans une langue nationale, de sorte que les élèves deviennent bilingues. Cette caractéristique permet de favoriser chez ces derniers le respect de leurs traditions culturelles et intellectuelles et de celles des autres et leur inculque l’importance d’adopter une vision pluraliste.