Les AKHS sont organisés en sociétés nationales de services en Afghanistan, en Inde, au Kenya, en République kirghize, au Pakistan, en Syrie, au Tadjikistan, en Tanzanie et en Ouganda. Le siège social est situé dans les bureaux de l'AKDN à Genève, en Suisse. Il coordonne les activités des sociétés de services, met en place des plans quinquennaux, réalise des prévisions décennales et des soumissions budgétaires annuelles et leur fournit une assistance technique.

À l’international, les différentes agences des AKHS sont interconnectées dans le cadre de stratégies mises en place à l’échelle du Réseau en Asie centrale ou encore en Afrique de l’Est. Elles collaborent ainsi sur plusieurs sujets, comme la qualité des soins, la télésanté, l’apprentissage virtuel, les mesures de lutte contre le changement climatique, la santé de la population, les communications, le développement de ressources humaines et l’audit de qualité.

Tout en renforçant ses institutions et les liens qui les unissent, chaque société de services de santé se joint également aux services de santé gouvernementaux et à d'autres prestataires afin de mettre en place des systèmes de santé nationaux efficaces. Les AKHS et l’AKU gèrent 940 hôpitaux et centres de santé.