São criados órgãos diretivos e comités regionais, comunitários e institucionais para facilitar o planeamento, as operações e as atividades de financiamento das empresas nacionais de serviços. Todos os diretores são voluntários sem remuneração. Normalmente, o conselho de administração de cada empresa nacional de serviços é composto por oito a 12 diretores. O Presidente Executivo é responsável pelo planeamento e gestão de todas as operações da empresa nacional de serviços. Os serviços, instalações e programas das empresas são financiados através de taxas locais cobradas por serviços, contribuições da comunidade, doadores internacionais, assim como através de contribuições de Sua Alteza o Aga Khan.

A Fundação Aga Khan apoia as empresas nacionais de serviços a procurar financiamento e assistência técnica junto de agências doadoras locais e internacionais para iniciativas adequadas de desenvolvimento ou prestação de serviços. Cada empresa tem um programa de investimento significativo e contínuo de desenvolvimento dos seus sistemas de gestão e da qualidade da sua equipe de gestão e de apoio. Em toda a rede, existe uma forte ênfase na melhoria contínua da qualidade enquanto estratégia central de desenvolvimento organizacional. Esta abrange a garantia da qualidade e a preparação para a certificação tanto ao nível do programa de certificação de hospitais sedeado nos Estados Unidos (Joint Commission International) como dos processos ISO. A metodologia integral de gestão da qualidade foi introduzida nos AKHS em 1992 e continua a ser uma atividade importante, com a recente introdução da certificação SafeCare nas nossas instalações de cuidados de saúde primários e secundários.

Existe um investimento significativo no desenvolvimento de recursos humanos a todos os níveis de cada uma das empresas nacionais de serviços. Todas as empresas têm igualmente em ação um significativo programa de investimento contínuo em sistemas de informação de gestão informática e comunicações eletrónicas. Todas incluem também uma forte componente de auditoria interna. Cada conselho de administração tem um comité de auditoria ativo e cada empresa passa por uma auditoria externa anual.