Embora a Biblioteca Aga Khan de Londres seja relativamente recente, a ideia subjacente ao seu desenvolvimento arrancou em 2008, quando o Instituto para o Estudo das Civilizações Muçulmanas da Universidade Aga Khan (AKU-ISMC) e o Instituto de Estudos Ismaili (IIS) se mudaram para o mesmo edifício no centro de Londres. Estas duas instituições continuaram a trabalhar com bibliotecas independentes que estavam alojadas nas mesmas instalações, mas mantendo estratégias, coleções e funcionários separados. Em 2014, para prestar um melhor serviço à comunidade de investigadores, estudantes e professores, as bibliotecas fundiram-se naquilo que ficou conhecido de forma não oficial como a Biblioteca Conjunta IIS-ISMC: uma biblioteca que combinava duas coleções valiosíssimas de modo a facilitar a investigação nas áreas dos estudos islâmicos e culturas muçulmanas.