A Rede Aga Khan para o Desenvolvimento tem estado ativa na área da educação em África há mais de um século. A primeira Escola Aga Khan foi fundada em Zanzibar por volta de 1905. Desde então, foram formados milhares de estudantes em Escolas Aga Khan em várias partes da África Oriental.

Em 2003, foi criada a primeira Academia Aga Khan em Mombaça, no Quénia, e uma década depois, foi criada a terceira em Maputo, Moçambique.

A Fundação Aga Khan tem vindo a trabalhar em parceria com governos, setor privado, sociedade civil, instituições académicas, líderes escolares, professores, pais, comunidades e estudantes para desenvolver e adaptar soluções inovadoras e acessíveis que aumentem a qualidade e a acessibilidade dos sistemas de educação pública por parte das crianças mais marginalizadas do mundo. Uma parte substancial do trabalho da Fundação tem sido desenvolvida na área do Desenvolvimento na Primeira Infância. O Programa pioneiro de Primeira Infância de Madraça já beneficiou milhares de crianças desde a sua criação na década de 1980.

Desde 2000, a Universidade Aga Khan tem vindo a oferecer formação superior em toda a África Oriental. Tendo começado com as suas Escolas de Enfermagem e Obstetrícia no Quénia, Tanzânia e Uganda, hoje a Universidade inclui igualmente uma faculdade de medicina, o Instituto de Desenvolvimento Educacional, a Escola de Pós-Graduação em Média e Comunicações, o Instituto da África Oriental e o Instituto para o Desenvolvimento Humano.