Хотя Библиотека Ага Хана в Лондоне относительно молода, идея её развития зародилась в 2008 году, когда Институт изучения мусульманских цивилизаций при Университете Ага Хана (AKU-ISMC) и Институт исмаилитских исследований (IIS) переехали в одно здание в центре Лондона. Эти два учреждения продолжали работать с независимыми библиотеками, которые располагались в тех же помещениях, но при этом стратегии их использования, коллекции и персонал библиотек были разными. В целях улучшения качества обслуживания сообщества исследователей, учащихся и преподавателей, в 2014 году две библиотеки были объединены. В результате образовалась так называемая Объединенная библиотека IIS-ISMC, в которой хранились две бесценные коллекции, способствующие проведению исследований в области исламоведения и мусульманской культуры.