Учебная программа разработана на основе общепризнанных программ Международного бакалавриата (МБ). Академии предлагают обучение по программам начального, среднего и дипломного образования в рамках МБ. Академии Ага Хана в Мапуту и Дакке также предлагают учебную программу «Ранние годы» ориентированную на детей в возрасте от 3 до 5 лет.

Академическая учебная программа также охватывает дополнительные темы, включённые в Компоненты учебных программ Ага Хана. Они развивают у учащихся навыки и способности, которые помогут им стать лидерами в своих сферах, путём расширения международного кругозора, поощрения социальной ответственности, творческого подхода и высоких этических стандартов.

В Академиях преподают английский и национальный языки, чтобы все учащиеся владели обоими языками одинаково свободно. Это способствует воспитанию уважения к собственной культуре, другим культурам и интеллектуальным традициям, а также продвижению плюралистического мировоззрения.