В каждой Академии есть Центр профессионального развития (ЦПР). Такие центры создаются для того, чтобы укрепить педагогический потенциал путём предоставления значительных возможностей профессионального обучения педагогам и руководителям из Академий и других Школ Ага Хана, а также местных государственных и иных некоммерческих школ.

Для разработки программ, соответствующих страновым потребностям, ЦПР проводят консультации с учителями, руководителями школ, местными и международными высшими учебными заведениями и государственными органами в области образования. Они также сотрудничают с другими агентствами АКДН, такими как Университет Ага Хана и Фонд Ага Хана.

Программы ЦПР формируют педагогическую компетентность за счёт улучшения предметных знаний и методик преподавания. Они продвигают интерактивные и личностно-ориентированные методы обучения, а также способствуют развитию лидерских качеств. Каждый ЦПР также предлагает 18-месячную Программу подготовки педагогов, которая позволяет молодым специалистам повысить квалификацию и получить степень международного бакалавра (МБ) для преподавания в Академии и в сети Школ Ага Хана. Академии являются единственным поставщиком среднего образования, предлагающим степень МБ. Программы предусматривают обучение без отрыва от производства, где теория и практика дополняют друг друга.

Будучи центрами передового опыта, внедряющими самые современные учебные методики, Академии Ага Хана представляют собой ценные ресурсы для систем образования в регионах, где они расположены.