Службы Ага Хана по здравоохранению учреждены в форме национальных обслуживающих компаний в Афганистане, Индии, Кении, Кыргызстане, Пакистане, Сирии, Таджикистане, Танзании и Уганде. Головной офис агентства находится в офисе Представительства АКДН в Женеве, Швейцария. Он координирует деятельность сервисных компаний посредством пятилетних планов, десятилетних прогнозов, годовых бюджетных документов и оказания технической помощи.

Службы AKHS связаны между собой на международном уровне сетевыми стратегиями, разработанными для применения в конкретных географических регионах, таких как Центральная Азия и Восточная Африка, а также стратегиями в области качества обслуживания, цифрового здравоохранения, виртуального обучения, противодействия климатическим изменениям, здоровья населения, коммуникаций, развития кадрового потенциала и аудита.

Укрепляя свои институты и связи между ними, каждая компания сферы медицинского обслуживания налаживает контакты с государственными учреждениями системы здравоохранения и другими организациями, задействованными в построении эффективных национальных систем здравоохранения. AKHS и AKU управляют 940 больницами и выездными медицинскими центрами.