Органы управления, а также региональные, общинные и институциональные комитеты создаются для содействия планированию деятельности национальных обслуживающих компаний, их функционированию и реализации ими мероприятий по финансированию. Все директора работают в качестве волонтёров на безвозмездной основе. Как правило, совет директоров каждой национальной обслуживающей компании образован 8-12 директорами. Генеральный директор занимается планированием и управлением всеми операциями, реализуемыми соответствующей национальной обслуживающей компанией. Оплата услуг компаний, их административно-хозяйственное обеспечение и выделение средств на реализацию ими своих программ осуществляются за счет взимаемых за услуги местных сборов, взносов сообществ, международных донорских программ, а также за счет пожертвований со стороны Его Высочества Ага Хана.

Фонд Ага Хана оказывает национальным обслуживающим компаниям содействие в поиске источников финансовой и технической помощи среди международных и местных спонсорских организаций для осуществления соответствующих инициатив в области развития или предоставления услуг. Каждая компания разрабатывает основательную постоянно действующую инвестиционную программу как по развитию собственных систем управления, так и по повышению качества работы своего управленческого и вспомогательного персонала. Во всех учреждениях сети непрерывное повышение качества считается одной из базовых стратегий организационного развития. Деятельность в данном направлении подразумевает проведение мероприятий по контролю качества и по подготовке к аккредитации либо по американской программе аккредитации больниц, либо в соответствии с требованиями Международной организации по стандартизации. Методология комплексного управления качеством была внедрена в AKHS в 1992 году и остаётся важным направлением нашей деятельности. Недавно наши учреждения первичной и вторичной медико-санитарной помощи получили аккредитацию SafeCare.

На всех уровнях функционирования каждой национальной обслуживающей компании осуществляются значительные инвестиции в развитие кадрового потенциала. Все компании также разрабатывают основательные постоянно действующие инвестиционные программы по внедрению компьютеризированных управленческих информационных систем и систем электронного взаимодействия. Кроме того, для таких компаний характерно надёжное функционирование служб внутреннего аудита. При советах директоров имеются действующие комитеты по аудиту. Также каждая компания ежегодно подвергается проверке в рамках внешнего аудита.