Музей Ага Хана — это прежде всего образовательное учреждение, которое освещает связи между эпохами и культурами, предлагая широкий спектр программ для всех возрастов. Презентации, студийные программы, экскурсии и лекции предоставляют уникальную возможность для изучения коллекции музея, выставок и взаимодействия с экспертами.

Музей также публикует учебные пособия, каталоги и путеводители по выставкам, делясь своими ресурсами с широкой общественностью.

Проводя ряд специальных выставочных мероприятий каждый год, музей самостоятельно организует выставки, а также сотрудничает с культурными учреждениями по всему миру, чтобы представить искусство мусульманских цивилизаций во всём его многообразии форм и проявлений, от фотографии до скульптуры, от инсталляций до текстиля. В 2019 году благодаря выставке под названием «Луна — путешествие сквозь время» посетители музея узнали о роли, которую этот небесный объект, издревле занимавший умы людей, сыграл в верованиях, науке и искусстве как мусульманского, так и всего остального мира.

В современном зрительном зале музея проходят живые выступления музыкантов, театральные постановки и танцевальные представления, которые освещают глубокие связи между визуальным и исполнительским искусством, создававшиеся на протяжении многих веков.

В личном письме архитектору Фумихико Маки Его Высочество Ага Хан предложил разработать проект музея с учётом концепции света. Свет, как отметил Его Высочество, с древнейших времен был неиссякаемым источником вдохновения для мировых религий и цивилизаций.

Маки разработал проект, который позволяет прямому и рассеянному свету проникать в здание уникальным образом. Здание расположено под углом 45 градусов к северу, чтобы обеспечить естественное освещение всех внешних поверхностей в течение дня. Стены выполнены из белого бразильского гранита — прочного и яркого материала, усиливающего игру света по всей поверхности здания.