Организация Ага Хана по развитию активно работает в сфере образования в Азии уже более века. Первые Школы Ага-Хана были основаны в Мундре (Гуджарат) и Гвадаре (Белуджистан) в 1905 году. С тех пор тысячи учащихся получили образование в Школах Ага-Хана по всей Южной и Центральной Азии.

Чтобы дать учащимся хороший старт с юных лет, Фонд Ага Хана помог создать среду, которая способствует общему развитию детей дошкольного возраста. В результате в Афганистане, Таджикистане и Кыргызской Республике на национальном уровне была признана и принята модель раннего развития детей.

Фонд также сотрудничает с учителями государственных школ, родителями и сообществами с целью повышения качества обучения в школах. Каждый год сотни тысяч детей школьного возраста переходят из младших классов в старшие, процент отсева учащихся снижается, а показатели успеваемости улучшаются. Тысячи учителей проходят обучение на рабочем месте, повышая квалификацию и уверенность в своих силах.

С 2011 года Академия Ага Хана в Хайдарабаде (Индия) активно проводит набор талантливых учащихся из маргинализированных сообществ для обучения по программе Международного бакалавриата (IB), чтобы воспитать будущих лидеров.

Университет Ага Хана (AKU) в Карачи, учреждённый как первый частный международный университет Пакистана в 1983 году, сегодня признан ведущим медицинским исследовательским университетом в регионе. Школа сестринского дела и акушерства при AKU лидирует в сфере медицинского образования страны уже более 30 лет и играет ключевую роль в улучшении репутации и практики сестринской профессии. Выпускники Института развития образования при AKU (более половины из них — женщины) занимают важные должности в государственных и частных образовательных учреждениях, обладая возможностью поддерживать и осуществлять новые стратегии и реформы, которые касаются большого числа учащихся.

Университет Центральной Азии располагается в трех жилых кампусах в Хороге (Таджикистан), Нарыне (Кыргызская Республика) и Текели (Казахстан) и предлагает программы бакалавриата и магистратуры, а также курсы профессионального развития для людей разных возрастов.