Организация Ага Хана по развитию активно работает в сфере образования в Африке уже более века. Первая школа Ага Хана была основана в Занзибаре в 1905 году. С тех пор тысячи учеников выпустились из школ Ага Хана в различных частях Восточной Африки.

В 2003 году первая Академия Ага Хана была открыта в Момбасе (Кения), а третья такая академия была создана в Мапуту (Мозамбик) десять лет спустя.

Фонд Ага Хана работает в партнерстве с правительствами, организациями частного сектора, представителями гражданского общества, академическими учреждениями, руководителями школ, педагогами, родителями, сообществами и учащимися. Вместе они разрабатывают и просчитывают приемлемые по затратам инновационные меры, направленные на повышение качества и доступности государственных систем образования для наиболее маргинализированных детей во всем мире. Особое внимание Фонд уделяет вопросам раннего развития детей. С момента своего внедрения в 1980-х годах первая в своем роде Программа развития детей младшего возраста в медресе принесла пользу тысячам маленьких учеников.

С 2000 года Университет Ага Хана оказывает услуги в сфере высшего образования по всей Восточной Африке. Кроме давно функционирующих Школ сестринского дела и акушерства в Кении, Танзании и Уганде, в настоящее время в структуру учреждений Университета входят также медицинский колледж, Институт развития образования, Высшая школа средств массовой информации и коммуникаций, Восточноафриканский институт и Институт человеческого развития.