يقوم متحف الآغا خان، بوصفه مؤسسة تعليمية أولاً وقبل كل شيء، بتسليط الضوء على الروابط التي تجمع بين العصور والثقافات من خلال تقديم مجموعة متنوعة وواسعة من البرامج المخصصة لجميع الأعمار. تعمل الحوارات المصوّرة، برامج الأستوديو والجولات، فضلاً عن المحاضرات على توفير فرصٍ فريدة من نوعها للتفاعل مع مجموعة مقتنيات المتحف من القطع الفنية والأثرية، إضافةً إلى ما يستضيفه المتحف من معارض ولقاءات مع الخبراء.

كما يقوم المتحف بنشر الكتيبات التعليمية، والبيانات المصورة، فضلاً عن الكتيبات المتعلقة بالمعارض ومشاركتها على نطاقٍ واسع.

يعرض المتحف سنوياً مجموعة متنوعة من المعارض الخاصة والحيوية، كما يقوم باستضافة المعارض المميّزة، وإجراء شراكات مع المؤسسات الثقافية المنتشرة في جميع أنحاء العالم لعرض الفنون الخاصة بالحضارة الإسلامية، وما تزخر به من تنوّع عبر كافة وسائل الإعلام، بدءاً من التصوير والنحت، وصولاً لمعارض المنسوجات الفنية.

ساهم المعرض، الذي أقامه المتحف في عام 2019 بعنوان: "القمر: رحلة عبر الزمن" (The Moon: A Voyage Through Time) بإدخال البهجة لقلوب الزائرين من خلال استكشاف السحر الدائم لهذا الجرم السماوي الساحر، والنظر في الدور، الذي لعبه في الإيمان ومجالي العلوم والفنون في جميع أنحاء العالم الإسلامي وما بعده.

تقوم القاعة الحديثة والمتميّزة بالمتحف باستضافة العروض المباشرة في مجالات الموسيقى والمسرح والرقص، وتسلّط الضوء على الروابط العميقة، التي تم صياغتها وتشكيلها على مدى عدة قرون في مجالات الفنون البصرية والأدائية.

قدّم سمو الآغا خان ملاحظاتٍ للمهندس المعماري فوميهوكو ماكي بضرورة الاعتماد والاستفادة من الضوء خلال وضع تصميمٍ للمتحف، لما يشكّله الضوء بالنسبة لسموّه من أهمية ومصدر إلهامٍ دائمٍ للأديان وحضارات العالم منذ العصور القديمة.

استجاب ماكي لتلك الملاحظات من خلال انتهاج تصميم يتيح دخول الضوء مباشرةً للمبنى وضرورة انتشاره بطرقٍ متميّزة ومبتكرة، حيث يقع المبنى على زاوية 45 درجة إلى الشمال الشمسي لضمان استقبال جميع الأسطح الخارجية للضوء الطبيعي على مدار اليوم. كما تعمل الجدران البارزة والمصنوعة من الغرانيت البرازيلي الأبيض، التي تم اختيارها نظراً لما تتمتع به من مقاومة ولمعانٍ، على تعزيز دخول الضوء من كافة أسطح المبنى.