Des organes directeurs et des comités régionaux, communautaires et institutionnels sont mis en place afin de faciliter la planification, les opérations et les activités de financement des sociétés nationales de services. Tous les administrateurs sont bénévoles et ne sont pas rémunérés pour cela. Généralement, le conseil d'administration de chaque société comprend entre 8 et 12 membres. Le PDG est responsable de la planification et de la gestion de toutes les opérations de la société nationale de services. Les services, les installations et les programmes des sociétés sont financés par des frais de services locaux, des contributions communautaires, des donateurs internationaux ainsi que par des contributions directes de Son Altesse.

La Fondation Aga Khan (AKF) accompagne les sociétés nationales de services dans leur recherche de financement et d'assistance technique auprès d'agences donatrices internationales et locales afin de mettre sur pied des initiatives de développement ou des prestations de services appropriées. Chaque société dispose d'un important programme d'investissement permanent afin de développer ses systèmes de gestion et la qualité de son personnel de direction et de soutien. Dans tout le réseau, l'amélioration continue de la qualité est une stratégie de développement organisationnel essentielle. Cela comprend notamment l'assurance qualité et la préparation à l'accréditation, soit par un programme d'accréditation hospitalier américain (Joint Commission International) soit par un processus ISO. La méthodologie de gestion de la qualité totale a été mise en place au sein des AKHS en 1992 et reste une activité importante à ce jour avec la récente accréditation SafeCare de nos établissements de santé primaires et secondaires.

L'investissement dans le développement des ressources humaines à tous les niveaux de chaque société nationale de services est important. Chacune dispose également d'un important programme d'investissement permanent dans les systèmes informatiques de gestion de l'information et les communications électroniques. En outre, elles disposent toutes d'un processus d'audit interne efficace. Chaque conseil d'administration dispose d'un comité d'audit actif et chaque société fait l'objet d'un audit externe annuel.