Le plan du Centre tire son inspiration d’un motif gravé sur des pierres découvertes sur le site de Mapungubwe, inscrit au Patrimoine mondial de l’UNESCO, situé au confluent des fleuves Limpopo et Shashe. Les espaces d’exposition et d’apprentissage sont abrités dans dix voûtes de forme libre, dont la plus grande s’étend sur 14,5 mètres, et d’un certain nombre de voûtes en berceau standard et de dômes disposés sur une forme triangulaire, reliés par des passerelles. La méthode de mise en voûte utilisée s’appuie sur un mortier de gypse à prise rapide et des carreaux de terre posés sur chant. L’utilisation de matériaux et de main d’œuvre de la région permet de minimiser l’impact environnemental.