O Museu Aga Khan é, em primeiro lugar, uma instituição educacional, pelo que procura clarificar as ligações entre épocas e culturas através de uma vasta gama de programas para todas as idades. Através de debates multimédia, programas de estúdio, visitas e palestras, os visitantes têm oportunidades únicas de interagir com a Coleção do Museu, as suas exposições e especialistas.

O Museu também publica guias curriculares, catálogos e guias de exposição, partilhando extensamente os seus recursos.

O Museu, através da apresentação de uma variedade de exposições especiais dinâmicas ao longo do ano, cria exposições e desenvolve parcerias com instituições culturais em todo o mundo. Apresenta as artes das civilizações muçulmanas em toda a sua diversidade e através de todos os meios, da fotografia à escultura, das instalações de arte aos têxteis. Em 2019, a exposição do Museu The Moon: A Voyage Through Time [A Lua: Uma Viagem Através do Tempo], encantou o público ao explorar o fascínio continuado por esta encantadora esfera no céu e analisou o papel que esta desempenhou na fé, na ciência e nas artes em todo o mundo muçulmano e não só.

O auditório de última geração do Museu acolhe apresentações ao vivo de música, teatro e dança, destacando as ligações profundas - forjadas ao longo de muitos séculos - entre as artes visuais e de palco.

Numa carta pessoal ao arquiteto Fumihiko Maki, Sua Alteza o Aga Khan sugeriu que o Museu fosse projetado à volta do conceito de luz. Sua Alteza afirmou que a luz tem sido uma inspiração permanente para as religiões e civilizações do mundo desde os primórdios.

Maki respondeu com um design que convida a luz direta e difusa a entrar no edifício, de modo engenhoso. O edifício está posicionado num ângulo de 45 em relação ao norte solar para garantir que todas as superfícies externas recebem luz natural ao longo do dia. As paredes angulares de granito branco brasileiro, um material escolhido pela sua resistência e luminosidade, reforçam o jogo de luzes através das superfícies dos edifícios.