En Afrique, le Réseau Aga Khan de développement (AKDN) travaille dans le domaine de l’éducation depuis plus d'un siècle. La première École Aga Khan a été construite à Zanzibar vers 1905. Depuis, des milliers d’élèves ont fréquenté les Écoles Aga Khan dans diverses régions d’Afrique de l’Est.

En 2003, la première Académie Aga Khan a été créée à Mombasa, au Kenya, et la troisième a été établie à Maputo, au Mozambique, dix ans plus tard.

La Fondation Aga Khan (AKF) travaille en partenariat avec les gouvernements, le secteur privé, la société civile, les institutions académiques, les directeurs d'écoles, les enseignants, les parents, les communautés et les élèves afin de développer et de mettre en œuvre des solutions abordables et novatrices qui améliorent la qualité et l'accessibilité des systèmes éducatifs publics pour les enfants les plus marginalisés du monde. La Fondation a notamment fortement axé son travail sur le développement de la petite enfance. Des milliers d’enfants ont bénéficié du Programme Madrasa d’éducation de la petite enfance pionnier depuis sa création dans les années 1980.

Depuis 2000, l’Université Aga Khan (AKU) offre un enseignement tertiaire en Afrique de l’Est. L’Université, qui a commencé par implanter ses Écoles d'infirmières et de sages-femmes au Kenya, en Tanzanie et en Ouganda, compte aujourd'hui dans ses rangs une École de médecine, l’Institut pour le développement de l’éducation, l’École supérieure des médias et de la communication, l’Institut de l'Afrique de l'Est et l’Institut pour le développement humain.