تأسست ثانوية الآغا خان في خوروغ عام 1998، وهي أول مدرسة يديرها القطاع الخاص في إقليم غورنو باداخشان ذاتي الحكم (GBAO). تقدم المدرسة التعليم للطلاب من الصف الأول حتى الصف الحادي عشر. يواصل الغالبية العظمى من خريجي المدرسة تعليمهم ما بعد الثانوي في المؤسسات التعليمية المحلية أو الدولية. حاليًا، يعمل أكثر من 2,000 خريج كخبراء مؤهلين تأهيلًا عاليًا في مختلف المجالات، مما يساهم بشكل كبير في تحقيق التنمية الاجتماعية والاقتصادية في البلاد.

تسعى الثانوية إلى تزويد الطلاب بتعليم عالي الجودة وإعدادهم لإتمام دراساتهم في مؤسسات التعليم العالي في الجامعات الدولية ذات الجودة العالمية. تقوم المدرسة أيضًا بتجربة وتطوير منهجيات جديدة للتدريس والتعلّم يمكن استخدامها كنماذج لأفضل الممارسات في المؤسسات التعليمية الأُخرى في طاجيكستان وفي جميع أنحاء المنطقة.

تقدم المدرسة الثانوية المنهج الدراسي الوطني الطاجيكي، الذي يشتمل على البعد الدولي والمهارات العملية لضمان قدرة الطلاب على المنافسة على المستوى العالمي. يتم تقديم البرنامج بثلاث لغات (الإنجليزية والطاجيكية والروسية)، بهدف تشجيع الطلاب على تطوير وإتقان أكثر من لغة واحدة. يتم إيلاء اهتمام خاص في المناهج لتعلم اللغة الطاجيكية وتنمية المعرفة والتقدير للتاريخ والأدب والتراث الغني للبلاد.

قامت مدرسة الأغا خان الثانوية بالتعاون مع مجالس الآغا خان للتعليم التي تم تأسيسها في المملكة المتحدة والولايات المتحدة وكندا، ولجنة الآغا خان للشباب والرياضة في كندا، بتسهيل تبادل الخبرات المهنية وتمكين معلميها من الاستفادة من مبادرات التطوير المهني. كما قدمت المدرسة أنشطة في مجالات العلوم والتكنولوجيا والهندسة والرياضيات، مثل فصول الروبوتات ومختبر الصانع (ورشة عمل إبداعية وتعاونية) ونوادي البرمجة، بالإضافة إلى برامج تنشيطية صيفية وشتوية لزيادة فرص الطلاب في الالتحاق بمؤسسات التعليم العالي.

أدت التجديدات الأخيرة إلى تحسين قدرة المبنى على مقاومة الزلازل، ومستوى السلامة من الحرائق، وتحسين نظام النظافة والصرف الصحي، وتعزيز بيئة التعلم بشكل عام.

تدير مؤسسة الآغا خان للخدمات التعليمية العديد من برامج التوعية، مثل برنامج دعم التعلّم ومنتدى القيادة الشبابية والمعسكر الصيفي. بدأت كلية التعليم المهني والمستمر بتطوير برنامج دعم التعلم لمساعدة المعلمين والطلاب في المدارس الحكومية. يتضمن البرنامج تقديم تعليم تكميلي بعد المدرسة في اللغة الإنجليزية والرياضيات للطلاب المسجلين بين الصفين السابع والحادي عشر في المدارس الحكومية.

في عام 2006، تم إطلاق المعسكر الصيفي لأول مرة في خوروغ، ويهدف هذا المعسكر بشكل أساسي إلى تطوير مهارات العمل الجماعي والقيادة لدى المشاركين. يهدف المعسكر أيضًا إلى خلق شعور بالانتماء والمسؤولية تجاه المجتمع الأوسع، بالإضافة إلى تعزيز فهم أهمية المجتمع المدني والتعددية.

يهدف برنامج منتدى القيادة الشبابية إلى تعزيز العلاقات وبناء شعور أكبر تجاه المجتمع لدى الشباب وتعزيز مهارات القيادة، فضلاً عن إثارة الاهتمام بالمشاركة المدنية والمجتمع المدني. يشارك في المنتدى سنويًا طلاب الصفوف من الثامن وحتى الحادي عشر من ضمن مجموعة متنوعة من المدارس في خوروغ.

يوفر المنتدى للطلاب بيئة للقاء ومناقشة القضايا والتحديات المحلية المعاصرة أثناء البحث عن حلول مشتركة.

يُثري برنامج تحسين التعليم التابع لمؤسسة الآغا خان المدارس العامة بالمواد اللامنهجية والكتب والمواد التوضيحية وموارد التعلم الرقمية، وذلك لتعزيز نتائج التعلم وتقدّم الطلاب وتحسين مهارات القرن الحادي والعشرين. بالإضافة إلى ذلك، تدعم مؤسسة الآغا خان (AKF) تحسين العلوم والتكنولوجيا والهندسة والرياضيات واللغات الأجنبية في المدارس الثانوية، وذلك من خلال تطوير الموارد واختبار أفضل الممارسات.

تقوم ثانوية الآغا خان بدعم برنامج تدريب التطوير المهني للمعلمين لتعزيز معارفهم وقدراتهم. يشارك حوالي 85 معلمًا وموظفًا من مؤسسة الآغا خان للخدمات التعليمية في طاجيكستان في دورات كامبريدج للغة الإنجليزية التي تُديرها مؤسسة الآغا خان للخدمات التعليمية كل عام دراسي.

بالإضافة إلى ذلك، تدعم مؤسسة الآغا خان معاهد تدريب المعلمين من خلال منصتها التعليمية المدمجة، حيث تُقدم دورات تدريبية مجانية عبر الفيديو للمعلمين. يتم تدريب المعلمين على التعلم المدمج والمختلط وفقًا للحاجة، مع مراعاة فعالية التكلفة وضمان الوصول إليه بشكل أوسع.