Avant tout une institution d'enseignement, le Musée Aga Khan met en lumière les liens entre les époques et les cultures en proposant un large éventail de programmes accessibles à toutes les tranches d'âge. Des conférences illustrées, des programmes d'ateliers, des visites guidées et des séminaires offrent des occasions uniques d'interagir avec la collection, les expositions et les experts du Musée.

Le Musée publie également des guides pédagogiques, des catalogues et les guides des expositions, afin de partager ses ressources le plus largement possible.

Avec plusieurs expositions spéciales dynamiques chaque année, le Musée crée des expositions et s'associe à des institutions culturelles du monde entier. Il présente les arts des civilisations musulmanes dans toute leur diversité et à travers tous les médias, de la photographie à la sculpture, en passant par les installations artistiques et les textiles. En 2019, l’exposition The Moon: A Voyage Through Time (La Lune : un voyage à travers les temps) a reçu un accueil très favorable de la part des visiteurs. L’événement explorait la fascination intemporelle que les civilisations vouent à cet orbe céleste enchanteur. Les différentes œuvres présentées se penchaient sur le rôle que la lune a joué dans la foi, la science et les arts à travers le monde musulman et au-delà.

Son auditorium ultramoderne accueille des représentations de musique, de théâtre et de danse mettant en avant les liens profonds forgés au fil des siècles entre les arts visuels et les arts de la scène.

Son Altesse l'Aga Khan, dans une lettre adressée en personne à l'architecte Fumihiko Maki, lui suggéra d'orienter la conception du Musée autour de la notion de lumière. Selon Son Altesse, la lumière est une inspiration immuable pour les religions et les civilisations du monde depuis la nuit des temps.

En réponse, Maki imagina une conception qui invite la lumière directe et qui la diffuse dans l'édifice de manière ingénieuse. L'édifice est positionné à 45 degrés au nord en direction du soleil afin que toutes ses surfaces extérieures reçoivent de la lumière au cours de la journée. Les murs angulaires en granit blanc du Brésil, matériau choisi pour sa résilience et sa luminosité, mettent en valeur les jeux de lumière sur les surfaces du Musée.